La PNI clínica es la ciencia que se ocupa de las interacciones entre los diferentes sistemas de nuestro cuerpo; psique, el sistema neurológico, inmunitario, endocrino y los efectos de tales interacciones en la actividad de los genes.

Las características visibles y no visibles de cada persona son el resultado de millones de años de evolución, combinados con factores transgeneracionales, intrauterinos y relativos al propio entorno y contexto de la persona.

La PNI parte, por tanto, de la medicina evolutiva como enfoque óptimo para el diagnóstico y tratamiento de pacientes con afecciones que se dan en las sociedades actuales, y sobre todo con carácter crónico.

La finalidad última de la disciplina es devolver la salud y calidad de vida al paciente, así como sacar máximo rendimiento de las facultades del mismo, tanto físicas, como intelectuales y emocionales.